s komische daran ist, dass nicht alle mails weg sind

weiß jemand warum und was kann ich tun?

Ärgere dich, keine Sicherheitskopien gemacht zu haben. Wenn man mit einem Computer arbeitet, sollte man alle sensiblen Dateien regelmäßig sichern.
Hat man durch Komprimieren Datenverlust, bedeutet das, dass ein Teil der Datenbanken schon vorher kaputt war, weil komprimieren eigentlich das Gegenteil tut, nämlich die Datenbanken zu reinigen und damit zu reparieren.
Das kann es aber nur, wenn alle Datenbanken (bes. der Posteingang) klein gehalten werden, d.h. regelmäßig ausgemistet mit anschließender Komprimierung alle Ordner.
Lade dir das Tool DBXtract herunter und versuche, notfalls auch im Recovered Mode wieder an deine Mails zu kommen.
Suche dazu *.dbx Dateien.
Prognose insgesamt: düster.